غذای سلامت پپتید فقط باید در جای خشک و خنک قرار گیرد.

برای معرف های پپتیدی و داروهای پپتیدی، باید در خشک کن نگهداری شوند. پپتیدهای یخ زده را می توان قبل از قرار دادن در معرض هوا در دمای اتاق قرار داد. این امر تأثیر رطوبت را کاهش می دهد و هنگامی که خشک کردن انجمادی امکان پذیر نیست، بهترین راه ذخیره سازی در حجم های کوچک نمونه کار است. برای معرف های پپتیدی حاوی Cys، Met یا TrP، بافر دی اکسیداسیون برای انحلال آنها ضروری است، زیرا معرف پپتیدی به راحتی توسط هوا اکسید می شود و جریان آهسته نیتروژن یا آرگون از معرف پلی پپتیدی قبل از آب بندی بطری نیز اکسیداسیون را کاهش می دهد. معرف های پپتیدی حاوی Gln یا Asn نیز به راحتی تجزیه می شوند و تمام پپتیدها در مقایسه با آنهایی که حاوی این لیوزیدهای مشکل ساز نیستند، عمر محدودی دارند.
پپتیدها دارای طیف وسیعی از حلالیت هستند. مشکل اصلی حل نشدن پپتید، تشکیل ساختارهای ثانویه است. این امر در همه به جز مهمترین پپتیدها، به ویژه در پپتیدهایی با باقیمانده های آبگریز متعدد رخ می دهد. نمک باعث تشکیل ساختار ثانویه می شود. توصیه می کنیم ابتدا پپتید را در آب مقطر استریل یا دییونیزاسیون حل کنید. در صورت نیاز به افزایش حلالیت می توان از سونیکاسیون استفاده کرد. انحلال هنوز یک مشکل است، افزودن مقدار کمی اسید استیک رقیق (10 درصد) یا آمونیاک انحلال را تسهیل می کند.
برای نگهداری طولانی‌مدت معرف‌های پپتیدی، بهتر است آن را در حالت انجماد خشک کنید و پودر خشک شده در سرد را می‌توان در دمای -20 درجه یا پایین‌تر برای چندین سال بدون تخریب یا بدون تخریب نگهداری کرد. پپتیدهای موجود در محلول هنوز پایدار نیستند. پپتیدها مستعد تخریب باکتریایی هستند و باید در آب تصفیه شده استریل حل شوند.
محلول های پپتیدی حاوی باقیمانده های Met، Cys یا Tyr به دلیل اکسیداسیون طول عمر محدودی دارند. باید در حلال بی هوازی حل شود، به منظور جلوگیری از تخریب مکرر انجماد و ذوب، توصیه می شود که پپتید اضافی در آزمایش مدفوع حل شود و بقیه پلی پپتید به صورت جامد حفظ شود.